Pada tahun 1995, MMKN memutuskan untuk menubuhkan Audit Dalam dalam jentera Kerajaan Negeri. Tujuan penubuhan Audit Dalam ialah untuk mempertingkatkan lagi keekonomian, keefisienan, akauntabiliti dan ketelusan dalam operasi Kerajaan.

Audit Dalam telah ditubuhkan sebagai satu Bahagian di Pejabat Setiausaha Kewangan Negeri dan ia mula beroperasi pada bulan Januari 1996. Bahagian itu diketuai oleh seorang Pengarah Audit Dalam. Bagi menjamin beliau mempunyai kebebasan dalam menjalankan kerja audit dalaman, beliau melapor terus kepada Setiausaha Kewangan Negeri. Pada bulan Mac 2001, Bahagian itu telah dipindah ke Jabatan Ketua Menteri dan digelar semula sebagai Unit Audit Dalam. Pengarah Audit Dalam kini melapor terus kepada Setiausaha Kerajaan Negeri dan ini jelas mempertingkatkan lagi kebebasan beliau dalam melaksanakan tugas beliau.